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1、小分子：MegaMolBART, MoFlow

1）MegaMolBART
https://github.com/NVIDIA/MegaMolBART
基于 SMILES 的小分子药物发现与化学信息学深度学习模型。

2）MoFlow
https://github.com/calvin-zcx/moflow
用flow流方式分子生成

2、蛋白质：ESM-1, ESM-2

https://github.com/facebookresearch/esm
两个都是META对蛋白质相关的transformer模型

pip install fair-esm # latest release, OR:
pip install git+https://github.com/facebookresearch/esm.git # bleeding edge, current repo main branch

安装上面esm包后，可以通过下面esm-extract命令行提取蛋白的特征向量

esm-extract esm2_t33_650M_UR50D examples/data/some_proteins