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QIIME 2（Quantitative Insights Into Microbial Ecology 2）是一个用于分析和解释微生物组数据的开源生物信息学工具。它是QIIME的第二个版本，经过重新设计以提高灵活性、可扩展性和可重复性。

1. 关于QIIME 2的一些重要特征和概念：

插件体系结构：

QIIME 2采用插件体系结构，允许用户通过添加新插件轻松扩展工具的功能。每个插件提供特定的分析步骤或功能，用户可以选择性地使用这些插件来构建自定义分析流程。

数据格式：

QIIME 2使用QIIME 2 Artifact格式（.qza文件）来表示数据。这种格式能够同时存储原始数据和元数据，使得分析过程更加透明和可追溯。Artifact可以包含各种类型的数据，如序列数据、代表性序列、特征表、距离矩阵等。

交互式可视化：

QIIME 2提供丰富的交互式可视化工具，包括QIIME 2 View插件生成的交互式可视化文件（.qzv文件）。这些文件可以通过QIIME 2的Web界面（Qiita）或本地查看器进行查看，帮助用户更好地理解数据和分析结果。

可组合的分析流程：

QIIME 2的插件体系结构允许用户根据需要构建自定义的分析流程，而不是被迫使用预定义的分析流程。这种可组合性使得QIIME 2非常适合应对不同类型的微生物组数据和研究设计。

数据可视化工具：

QIIME 2包含多种用于可视化微生物组数据的工具，例如Alpha和Beta多样性可视化、物种注释可视化、样本分组对比等。这些可视化工具有助于解释分析结果并生成高质量的图表。

多样性分析：

QIIME 2支持多样性分析，包括Alpha多样性（样本内多样性）和Beta多样性（样本间多样性）。用户可以比较不同样本或组的微生物组成，并使用统计工具进行显著性测试。

物种注释：

QIIME 2允许用户对代表性序列进行物种注释，以识别微生物群落中的主要成分。这通常涉及使用分类器对序列进行分类，并生成物种注释的结果。

社区支持：

QIIME 2有一个活跃的用户社区，提供文档、教程、论坛等资源，帮助用户学习和使用工具。社区支持有助于解决问题、分享经验，并推动工具的不断发展。

QIIME 2的设计使其成为处理和分析微生物组数据的强大工具，适用于各种实验设计和微生物组学研究。用户可以根据实验需求选择合适的插件和工具，构建出适应其数据的定制化分析流程。

2. QIIME 2安装

### Mac OS（intel）conda 安装qiime2wget https://data.qiime2.org/distro/amplicon/qiime2-amplicon-2023.9-py38-osx-conda.ymlconda env create -n qiime2 --file qqiime2-amplicon-2023.9-py38-osx-conda.yml
conda activate qiime2# 安装问题：文件下载，包依赖 

3. QIIME 2数据分析流程：

导入数据：

使用 qiime tools import 命令导入原始序列数据。这可能涉及到导入序列数据、质量数据、样本元数据等。

Quality Control 和 Denoising：

使用 denoising 工具，如 DADA2 或 Deblur，对序列数据进行去噪和质量控制。

生成 Feature Table 和代表性序列：

生成用于后续分析的特征表和代表性序列。

Alpha 和 Beta 多样性分析：

计算和可视化样本内和样本间的多样性。

物种注释：

使用分类器对代表性序列进行物种注释。

可视化和统计分析：

生成可视化图表，如物种注释图、Alpha和Beta多样性可视化图表。进行统计分析，如差异丰度分析等。

参考：https://docs.qiime2.org/2023.9/