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一区Script Materialia期刊:多主元素合金中的短程有序域扩散一文,研究了CrCoNi合金和MoNbTa合金中原子的扩散过程,文中有出现如下图所示的原子运动轨迹线。这种原子运动轨迹线我们在研究扩散过程中常常会用到。
![[lammps教程]OVITO绘制原子运动轨迹线的图1](https://img-blog.csdnimg.cn/img_convert/56a82cc78465e0bfbbe751260829c187.png)
![[lammps教程]OVITO绘制原子运动轨迹线的图2](https://img-blog.csdnimg.cn/img_convert/df51fe2e6b297fe33a2c2f916b389c08.png)
图参考自:Bin Xing, Xinyi Wang, William J. Short-range order localizing diffusion in multi-principal element alloys,Scripta Materialia, 2022
本文将介绍如何利用OVITO软件再现文章的不同颜色的原子的轨迹图
1、打开OVITO界面并且导入数据文件
![[lammps教程]OVITO绘制原子运动轨迹线的图3](https://img-blog.csdnimg.cn/img_convert/5e171a6743241856f896e7b6b2b3a9f9.png)
![[lammps教程]OVITO绘制原子运动轨迹线的图4](https://img-blog.csdnimg.cn/img_convert/333875b6a61f2f1e80088c95d41260ba.png)
2、选择该原子模型的某一面,我选择的视角为(left)
![[lammps教程]OVITO绘制原子运动轨迹线的图5](https://img-blog.csdnimg.cn/img_convert/9559a9eb2e13a577c03e236d2f5ba34f.png)
3、开始将该原子面开始删除为只包含一层原子的模型,先采用Expression selection,并且在Boolean expression中选择Position.X <=1
![[lammps教程]OVITO绘制原子运动轨迹线的图6](https://img-blog.csdnimg.cn/img_convert/f45b7bc62283be070eebd8a157ba61cb.png)
4、采用Invert selection 进行反向选择
![[lammps教程]OVITO绘制原子运动轨迹线的图7](https://img-blog.csdnimg.cn/img_convert/2211d2ad84632bef7c413f228b9bf824.png)
5、采用Delete selected 将反选择好的原子删除掉,得到了只有一层原子面
![[lammps教程]OVITO绘制原子运动轨迹线的图8](https://img-blog.csdnimg.cn/img_convert/7dfd92d75d6a21205c92a40c6e9e7fe3.png)
6、选择Manual selection中的Pick对该原子表面的其中一个原子进行标定
![[lammps教程]OVITO绘制原子运动轨迹线的图9](https://img-blog.csdnimg.cn/img_convert/5ef5c058590472dfcc2e7ab35e605dd5.png)
7,选择Generate trajectory lines,选择加载的原子轨迹为5000帧,加载完之后在Tracjectory display中修改轨迹的颜色以及线宽,如下
![[lammps教程]OVITO绘制原子运动轨迹线的图10](https://img-blog.csdnimg.cn/img_convert/4bc19749aac79bac3634beceba5babed.png)
得到该选定原子的5000帧之前的全部原子轨迹
8,若想得到其他原子不同颜色的轨迹,重复上述操作7,本次操作只选择5种不同颜色的原子轨迹图
![[lammps教程]OVITO绘制原子运动轨迹线的图11](https://img-blog.csdnimg.cn/img_convert/3cb71854845f30552488ec4dd64982a2.png)
由于所选择的原子并非在原子表面移动,所以,根据实际情况而定,这样就初步得到3个不同颜色的原子轨迹
9、将这一层原子的颜色调整成一种颜色,(根据个人喜好来),然后调整原子的半径大小
![[lammps教程]OVITO绘制原子运动轨迹线的图12](https://img-blog.csdnimg.cn/img_convert/50e8f7fbe053fb91d59253fd08159610.jpeg)
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