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文章目录
- 介绍
 - 加载R包
 - 数据链接
 - 导入数据
 - 数据预处理
 - DE testing: 2BP vs no-BP
 - 比较
 - limma-voom
 
- Load steroid data
 - In No-BP patients
 - In 2BP patients
 - Compare gene expression vs bacterial mass
 - 其他
 - 系统信息
 
介绍
转录组差异fgsea富集分析是一种基于基因集的富集分析方法,它关注的是整个基因集的协同变化,而不是单个基因的表达水平变化。这种方法特别适用于时间序列数据或具有定量属性的样本,因为它不需要将样本分组并对每个分组单独进行富集分析,而是可以直接对整体数据集进行处理。
fgsea富集分析的主要步骤包括:
- 基因排序:将基因按照在两类样本中的差异表达程度进行排序。
 - 基因集富集检验:检验预先设定的基因集合是否在这个排序表的顶端或者底端富集,从而判断此基因集内基因的协同变化对表型变化的影响。
 - 统计显著性评估:通过计算富集分数(Enrichment Score, ES)和进行统计测试(如排列测试),来评估基因集的富集是否具有统计学意义。
 
fgsea富集分析的优势在于:
- 整体分析:从整体基因表达数据出发,关注整个基因集的协同变化,而不是单个基因的变化。
 
