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微生物宏基因组测序和分析流程大致可以分为以下几个步骤：

1. DNA提取：需要从微生物样本中提取DNA。2.建库构建：提取到的DNA需要进行建库构建，包括DNA片段的断裂、末端修复、连接连接适配器等操作。3.高通量测序：建库构建完成后，将DNA样本送入高通量测序平台进行测序。4.序列数据处理：得到原始测序数据后，需要进行序列质量控制、去除低质量序列、去除污染序列等处理，以确保后续分析的准确性。5.序列比对或组装：经过质控后的序列数据需要进行比对或组装，将测序得到的片段序列还原为原始基因组的序列。这一步可以使用不同的软件和算法，如Bowtie、BLAST、MEGA等。6.功能注释：对组装得到的基因组序列进行功能注释，预测基因的功能、通路及代谢途径等信息，可以帮助理解微生物的生物学特性。7.生物信息学分析：对注释后的数据进行进一步的生物信息学分析，比如物种多样性分析、群落结构分析、功能基因组分析等，以揭示微生物群落的结构和功能。

实验部分，我不太熟悉，生信流程拿到测序数据后，首先进行MD5检验，成功后，方可进入下一步流程。我在网上找到了三种微生物生信流程。

第一种，是基于reads的微生物生信分析。

第二种，是基于contig的微生物物种分析。（Contig（contiguous sequence）是指在基因组组装过程中，通过将重叠的短序列片段（reads）按照它们的重叠部分进行拼接而得到的连续序列。在基因组测序后，由于测序技术的限制，得到的序列通常是碎片化的，即短序列片段。为了还原原始基因组的序列，需要将这些短序列根据它们的重叠关系拼接成较长的连续序列，这样得到的连续序列就是 contig。)，我觉得contig可以算是更长的reads.

第三种：是基于bin的微生物生信流程（bin"通常指的是将组装得到的 contig 或 scaffold 根据它们的特征（如碱基组成、覆盖度、相互关系等）进行分类或分组的过程。这种分类可以帮助研究者更好地理解基因组组装结果，识别不同来源或功能的序列，并进一步进行生物学意义的分析。具体来说，"binning" 过程包括将 contig 或 scaffold 分配到不同的组（bin）中，每个组通常代表一个生物体或一个基因组区域。这样的分类有助于识别不同微生物的基因组序列、重建微生物群落的结构以及研究基因组的功能和进化等。在微生物组学研究中，binning 可以帮助鉴定不同微生物群落成员的代谢功能、生态角色和相互作用，从而深入了解微生物群落的组成和功能。)

我这个栏目希望能将这些流程都跑一遍，分享給大家，但是也是浅浅的跑，因为每个流程都是发展很久的，我不会全部都做得很深，有问题的朋友们，可以讨论。这几张图是网上的资源，我不知道出处了，感谢他们的分享。