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​Pymol的使用其实可以分为两种，一种是GUI图形操作界面，直接可以去Pymol官网上下，另一种则是使用API的方式直接调用，适合写脚本批量处理一些东西。建议画图，看结构直接用GUI，但是计算RMSD啥的，用API处理会非常顺滑。

今天主要介绍一下怎么使用anconda上下载安装pymol并且通过API命令行进行使用。

因为pymol的python支持比较乱，试了两三个，发现python=3.7的应用会比较好一点。所以打算创建一个python3.7的anconda虚拟环境然后逐步配套安装

-从window系统-

打开Aconda Prompt

输入conda create -n pyoml3.7 python=3.7

回车

我们成功创建一个名为pymol的虚拟环境，它里边的python版本是3.7

然后输入condaactivate pymol3.7

回车

进入虚拟环境

因为pymol的在线下载非常慢，所以我采用的是先离线下载安装包，然后用pip逐个安装

pymol的包为

都可以在https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/

获得，也可以直接wx回复pymol3.7获得

下载之后，我把这几个包都放到了D盘

然后使用指令cd /d D:

将conda的位置也转变到D盘

最后分别输入

pip install numpy-1.21.6+mkl-cp37-cp37m-win_amd64.whl

Pip install pymol_launcher-2.1-cp37-cp37m-win_amd64.whl

Pip install pymol-2.6.0a0-cp37-cp37m-win_amd64.whl

完成安装

因为本人喜欢pycharm，所以使用pycharm看一下anconda的环境，以成功安装。

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为什么要安装pymol呢，是因为要批量计算两个蛋白的Cα RMSD

跟大家直接分享一下代码

   import pymol   from pymol import cmd   def pymol_rmsd(in_file,ref_file):        """        can change the RMSD scope by change align() API code        the total code is pymol.cmd.align('x and name N+CA+C and polymer', 'x and name N+CA+C and polymer')        default：calculate Cα rmsd        """        cmd.load(in_file,'1')#需要比对的蛋白1        cmd.load(ref_file,'2')#需要比对的蛋白2        RMSD_pymol=cmd.align('1 and name CA and polymer', '2 and name CA and polymer')        return RMSD_pymol[0]

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linux系统就比较简单

创建好虚拟环境之后

打开终端，直接使用pymol官网推荐的命令行或者tar.bz2解压安装

pymol的API指令还有很多，pymolwiki上可以学习。

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下次见！