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介绍

Custom scoring based on ecological topology of gut microbiota associated with cancer immunotherapy outcome是来自法国Gustave Roussy Cancer Campus的Laurence Zitvogel实验室最近发表在cell的关于使用肠道微生物拓扑结构预测免疫治疗疗效的文章。

该研究提供基于肠道微生物之间的co-occurrence共发生网络寻找与免疫治疗相关的拓扑结构网络，基于该网络计算得分，最终使用该得分预测免疫疗效。该TOPOSCORE具有很强的泛化能力，在lung cancer计算得到的TOPOSCORE在其他癌症类型也有很好的预测效果。

相比先前研究单个菌株对疗效的预测效果，互作网络能够提高预测效能。这样的思路不仅仅可以用于微生物数据，其他类型数据也可以采用。比如先前在转录组水平构建预测打分，是基于Cox回归模型的beta系数和表达矩阵，也可以使用WGCNA算法构建的互作网络模型获取打分。